PCR Primer 디자인 방법 mahler83, 2013-12-112018-02-20 PCR Primer Design Guidelines. Primer 짜기 1. 길이는 18-22bp – 너무 짧으면 특이성이 떨어지고 너무 길면 tempalte에 결합하기가 힘들다 2. Tm (Melting Temperature)는 52-58도 – GC content에 의해 Tm값이 결정된다. 너무 높으면 secondary annealing이 될 수 있다. 대개 primer design할 때 값이 주어짐 3. Ta (Annealing Temperature) – Ta 값이 너무 높으면 product yield가 떨어지고, 너무 낮으면 nonspecific product가 많아진다 4. GC content는 40-60% – 우리 연구실에서는 55%를 선호한다. 5. GC Clamp – Primer 3′ 끝부분에 결합력이 강한 GC가 5개 중 3개가 있는 것이 좋다. 6. Primer Secondary structure – Hairpin, Self-dimer, Cross-dimer 등이 형성되면 yield가 급격하게 떨어진다. 7. Repeats – ATATATAT와 같이 repeat가 있으면 어긋나서 결합할 수 있다. 4bp이상 반복이 없도록 하자. 8. Runs – AGCGGGGGATGGGG와 같이 single base run이 들어가면 Repeat와 비슷한 이유로 mispriming이 될 수 있다. 4bp이상 반복이 없도록 하자. 9. 3′ End Stability – 3′ end의 delta-G value가 높으면 (음수값이 작으면) false priming이 될 수 있다. 10. Template secondary structure – Template도 secondary structure를 이룰 수 있다. 11. Cross Homology – 다른 gene과 homology를 가지는 부위는 피하도록 한다. 사실 이런거 몰라도 primerblast 기본 세팅으로 놓고 짜면 되긴 한다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 여기서 exon-exon junction spanning되는 것 2개, 안하는 것 2개 정도 선택한 후에 주문하고, PCR 돌려서 product 잘 나오는 걸 선택해서 연구를 진행했다. 어차피 primer는 antibody와 달리 가격이 싸서 시행착오를 거쳐도 된다. Share this:FacebookX Lab Stuff
6-OHDA PD 모델에서 BBB 투과성 2012-03-302013-11-07 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16176358 BBB impairment에 대해 연구를 한다면 이런 식으로 하면 될 듯. cardiac perfusion을 할 때 labeling된 albumin을 circulation시켜서 BBB에 문제가 있는 부위에서 빠져나온 것을 detection하는 방식. Share this:FacebookX Read More
Lab Stuff Pubmed에서 검색 안되는 한글논문 endnote에 추가하기 2017-03-022023-07-19 펍메드에서 검색이 안 되는 한글논문을 엔드노트로 인용할 필요가 있어서 다음과 같이 진행했습니다. 1. Google Scholar에서 한국어 웹 검색 2. 검색 결과 아래에 나오는 ‘인용’ 클릭 3. 레이어팝업으로 뜨는 화면에서 ‘Endnote’클릭 → 이렇게 하면 enw 파일이 다운받아짐. 4. 다운받은 파일을 실행하면 endnote의 ‘Imported References’ 항목으로 추가가 된다. 5…. Share this:FacebookX Read More
Academic writing RefWorks Google Docs에 연동해 사용하기 2017-03-232023-07-19 협업을 위한 판을 짜는 중이라 Google Docs에서 RefWorks를 사용하는 것을 시험삼아 해봤다. 1. Add-ons에 들어가 “Get Add-ons …”를 눌러 “refworks”를 검색하면 기능을 추가할 수 있다 2. Add-ons에서 “ProQuest RefWorks”를 활성화시켜주면 우측에 내 레프웍스 계정에 있는 논문들 목록이 뜬다. “Cite this” 버튼을 클릭하면 엔드노트에서 넣는 것처럼 현재 커서 위치에 인용 문구가… Share this:FacebookX Read More