St. Jude PG4KDS study

소아병원인 Saint Jude’s Children’s Research Hospital에 오는 환자들의 약물 관련 유전자 분석을 미리 해두고(preemptive), 처방을 할 때 유전체 정보를 가지고 처방 관련 의사결정을 돕는 시스템.

Interruptive clinical decision support (CDS)가 electronic health record 시스템에 들어가있는 형태

관련내용: https://www.stjude.org/research/clinical-trials/pg4kds-pharmaceutical-science.html

관련논문: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24619595

pg4kds

Genotyping

Affymetrix Drug Metabolizing Enzymes and Transporters (DMET) Plus array ==> 230 genes, 1936 loci

CYP2D6 copy number variation은 qPCR로 추가 검사

Incidental finding report

발병률이 확연히 높은 경우

당장 추가조치가 필요한 경우 (정기검진을 더 자주 해야한다거나, 약물을 먹어야한다거나)

일반적인 사람도 노출되는 risk factor에 의한 발병증가 확률보다 낮은 경우는 제외 (예: 뚱뚱해졌을 때 증가하는 당뇨 발생 확률 이하의 효과가 있는 유전적 변이라면 굳이 알릴 필요 없음)

아무래도 소아환자들이다보니 18세가 되면 본인에게 다시 informed consent를 다시 구함. 아예 study에서 빠지는 것도 옵션의 하나

Process

  • 전혈 샘플을 랩으로 보냄. 채혈은 venupuncture가 다른 목적으로 이루어질 때 추가적으로 얻는 방식. (상냥해…♡)
  • 랩에서 DMET Plus + CYP2Dc copy NBR 검사를 돌려서 결과를 SFTP로 다시 보내줌. (근데 왜 SFTP방식인걸 강조하지??)
  • DMET Tracker를 이용해 informaticist는 수치상 문제는 없는지, 샘플 처리나 검사 과정에서 오류가 발생한건 없는지 검토해서 Resesarch DB에 입력. Pharmacogenomics PharmD가 결과를 검토해서 review queue로 넘김.
  • Research DB 내용을 바탕으로 각 환자별 consult와 검사결과를 종합해 EMR에 넘김. Consult 내용은 Consulte Builder를 통해 template에 맞춰 작성한다.
  • EHR 시스템에 들어온 Consult+Result는 최종적으로 다른 PharmD의 최종 확인을 거쳐 표시될지 여부가 결정됨.

Consult Builder

다음과 같은 구조화된 consult를 작성할 수 있다.

  • Phenotype assignment
  • Diplotype result interpretation
  • Dosing recommendation
  • Activity score section
  • Additional link for more information
  • 필요시 추가기입 section

예를 들어 200여가지 CYPD6, TPMT 유전형에 대해 CYPD6는 7가지, TPMT는 4가지 표현형으로 정리될 수 있고, 중요도에 따라 ‘routine’ 또는 ‘priority’로 classification해준다.

이런 검사 결과는 EHR 시스템에서 “Pharmacogenetics”라는 탭에서 확인할 수 있는데, 다른 최근 순으로 정렬되는 다른 기록지들과 달리 한 번 시행한 결과는 기간과 상관없이 평생 표시된다.

 

Priority phenotype

Consult Builder에서 ‘priority’로 지정된 경우는 1) 용량조절이 필요하거나, 2) 약물 변경이 필요하거나, 3) 추가 모니터링이 필요한 경우들이다.

Priority로 지정된 경우 1) 처방을 내리거나 2) 조제할 때 경고창이 뜨게 된다.

 

Patient communication

유전형 분석 결과와 본인의 유전형이 약물처방에 어떤 영향을 미치는지 정리한 편지를 동의한 환자에 한해 우편으로 보내고, 홈페이지에서 열람할 수 있도록 서비스 제공. 편지 문구는 Family Advisory Council, 병원의 patient education committee의 자문을 거쳤다.

 

Clinician education

새로운 gene/drug 조합이 시스템에 추가될 때마다 전체 구성원에게 이메일 연락. 각 Gene과 Drug사이의 관계에 대한 이론적인 배경과 처방시 활용에 대한 교육자료를 제공. 병원 분기 소식지에 안내.

약사 교육 코스에 PGx 관련 구체적인 내용 포함되어있음. 연구간호사도 PGx 전반에 대한 내용과 환자에게 설명하는 것에 대한 내용을 교육받음.

 

Patient reactions

물어본 환자 중 97%의 환자가 연구에 참여. 거절 사유는 privacy 또는 gene-based research에 대한 막연한 거부감.

참여한 환자 중 97%가 개인별 유전형 분석 편지를 받는 데에 동의.

2013년 결과인데, 환자 입장에서는 손해볼 것이 없기 때문에 대부분 동의하는 것 같다. 유전형 안내 편지를 받는데 동의한 비율이 생각보다 높은 것은 눈여겨볼만한 내용인 듯.

 

Pharmacogenomic results

78%에서 1개 이상 high-risk gene이 발견된다. (우와 생각보다 높다)

구체적으로는 0개 22%, 1개 44%, 2개 28%, 3개 6%

Gene/drug 조합이 계속 추가되면 수치는 상당히 올라갈 것으로 예상. 이 결과 발표 당시(2014년)에는 대상 gene이 4개밖에 없었다.

 

Turn-around time (TAT)

랩에 검체를 보내서 유전형 분석 결과를 받는 데까지 20-137일 걸림. Preemptive한 검사라서 TAT를 줄이려는 노력이 없었지만, 굳이 줄인다면 14-21일 정도로 단축 가능한 상황이라고.

 

Personal comments

  • Drug/gene pair 연구하는 분야와 분리된 ‘이미 검증된 pair를 이용하는 실용적인 모델’이다. 유사한 시스템을 설계한다면 새로운 pair 발굴하거나 검증을 할 것인지, 검증된 내용만 사용할 것인지 명확하게 규정하고 시작하는 것이 중요할 것 같다.
  • Informaticist에 의한 검증, 서로 다른 2명의 pharmacist에 의한 검증을 거쳐야지만 EHR에 뜨는 것이 인상깊다. Premature한 consult 내용이 주는 risk가 빠른 결과를 얻을 때의 benefit에 비해서 더 크다고 판단한 모양이다. 아니면 preemptive pharmacogenmics이다보니 빠르게 결과를 얻을 때 benefit 자체가 워낙 작았거나.
  • Genetic consultant가 꽤나 매력적인 직업이 될 것 같다. 컴퓨터로 하는 일이 많아질수록 (더 많은 genomic screening을 수행할수록) 인력 수요가 더 커지는 분야랄까?
  • St. Jude’s 홈페이지 반응형 짱 잘만들었다. 웹페이지 폭 조정하면 자동으로 폭에 맞춰 반응하는게 깜짝 놀랄 수준!!!!
  • 엄청 보수적인 시스템이다. 확인에 확인을 거듭하고, 상당히 높은 수준으로 검증된 gene/drug pair만을 도입하는 느낌이다. 내가 만든다면 verification 없이도 EKG 가판독처럼 컴퓨터 시스템에 의한 가판독 결과를 열람 가능하게 만들 것 같다.

CC BY-NC-SA 4.0 This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

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